осле февральской революции 1917 года епископ был назначен на кафедру в Тобольск. Свою тобольскую паству он призывал «сохранять верность вере отцов, не преклонять колена перед идолами революции и их современными жрецами, требующими от православных русских людей выветривания, искажения русской народной души космополитизмом, интернационализмом, коммунизмом, открытым безбожием и скотским гнусным развратом».

Особой заботой владыки были вернувшиеся с фронта солдаты. Развращаемые большевистской пропагандой, они были по существу брошены обществом, а властьимущие смотрели на них как на тех, кого снова можно гнать под пули, толкать на грабежи и разбой, чтобы кровавыми преступлениями крепче связать их с собой.

В январе 1918 года был принят Декрет об отделении Церкви от государства, ставивший верующих вне закона, возвращавший Церковь во времена языческого государства.

Владыка благословил раздать листки со статьей относительно декрета по храмам, где его принятие охарактеризовано как начало лютого гонения на Церковь. 11 апреля в местной газете большевики опубликовали против епископа угрожающую статью.

Через два дня был произведен обыск в обоих домовых храмах. Латыши-лютеране разгуливали по алтарю в шапках, дотрагивались до жертвенника и до святого престола, смеялись над православными святынями.

В самое Вербное воскресенье Владыка, приобщившись Святых Тайн священнослужителей и помолившись, принял решение о совершении Крестного хода.

Крестный ход привлек множество верующих, создалась торжественная молитвенная обстановка. Церковная процессия из собора направилась в подгорную часть Тобольска. На всем пути их сопровождали пешие и конные отряды красногвардейцев в полном вооружении.

Крестный ход окончился в половине пятого вечера. Архипастырь сильно устал и медленно шел в окружении богомольцев, направляясь к своим покоям. Соборную площадь оцепили латышские стрелки и стали очищать ее от народа. Был зачитан приказ о домашнем аресте епископа. В ответ среди верующих послышались протесты, и солдаты стали успокаивать толпу.

Когда святитель остался один, обращение с ним сделалось грубым и вызывающим. Под конвоем он был доставлен в штаб Красной армии.

Большевики реквизировали восемь лошадей у крестьян деревни Анисимово и в час ночи тайно вывезли владыку Гермогена из Тобольска по испорченной весенней распутицей дороге в Тюмень. В Екатеринбург из Тюмени Владыка прибыл 18 апреля и был помещен в тюрьму вблизи Сенной площади, рядом с Симеоновской церковью. В тюрьме святитель или читал, или писал, но больше молился и пел церковные песнопения. Вот случайные, но весьма характерные строки из писем епископа, свидетельствующие о его неизменном молитвенном настроении. «Я почти каждый день бываю на Литургии в храме угодника Божия Симеона, Верхотурского чудотворца. Каким образом? Во время звона мысленно у жертвенника поминаю всех присно и ныне поминаемых, живущих и почивших.

После звона «во вся» произношу: «Благословенно Царство...», — и затем всю Литургию до отпуста; и замечательно, что «достойно и праведно» мне весьма часто удавалось петь или произносить, когда звонят «к достойно». Владыка, несмотря на трудные тюремные условия и преклонный возраст, был бодр духом и благодушно переносил испытания. Он был всем доволен и сердечно благодарил за те хлопоты, которые доставляли его узы близким.

В тюрьме владыка написал Патриарху Тихону письмо с изложением всех событий и смиренно просил оставить его на Тобольской кафедре, а пребывание в тюрьме и всякое другое насильственное задержание вне епархии считать за продолжение служения.

Накануне Троицы было получено разрешение на причащение Владыки в камере. В день Святаго Духа Владыка Гермоген причастился Святых Таинств.

На следующий день, ближе к вечеру, епископ Гермоген был увезен из тюрьмы. Ночью 13 июня поезд прибыл в Тюмень, и узники были доставлены на пароход «Ермак». Вечером следующего дня пароход остановился у села Покровского, и здесь всех, исключая епископа и священника, перевели на пароход «Ока», а затем высадили на берег и расстреляли.

15 июня в десять часов вечера епископа и священника перевели на пароход «Ока». Подходя к трапу, святитель тихо сказал лоцману парохода «Ермак»:

— Передайте, раб крещеный, всему великому миру, что-бы обо мне помолились Богу.

На пароходе арестованных посадили в грязный и темный трюм; пароход пошел вниз по реке по направлению к Тобольску. В половине первого ночи епископа Гермогена вывели из трюма на палубу. Когда палачи перевязывали веревкой камень, он кротко благословил их. Связав владыку и прикрепив к нему на короткой веревке камень, убийцы столкнули его в воду. Всплеск воды от падения тела заглушил дикий хохот озверевших людей.

Чудо и особое Промышление Господне сопровождали священномученика и после кончины. Честные останки его были вынесены на берег реки и 3 июля обнаружены крестьянами села Усольского; на следующий день они были захоронены на месте обретения.

Здесь тело епископа оставалось до 21 июля, а затем было перевезено в село Покровское и помещено во временной могиле на Покровском кладбище. 27 июля тело епископа было вынуто из земли и перенесено в Покровский храм, где священнослужители облачили его в архиерейские одежды; затем оно было перенесено с Крестным ходом при громадном стечении молящихся на пароход «Алтай».

Вечером следующего дня пароход подошел к Тобольску. На пристани гроб с телом святителя был встречен Крестным ходом всех городских церквей и многотысячными толпами народа.

В последний раз обошел священномученик с Крестным ходом среди своей паствы стогны кафедрального града, и наконец гроб с его телом поместили в Софийский Успенский собор. Здесь он простоял пять суток, не издавая запаха тления. Священномученик Гермоген Тобольский был погребен в склепе, устроенном в Иоанно-Златоустовском приделе на месте первой могилы святителя Иоанна, митрополита Тобольского.