XIV-XVII веках здесь располагалось сельцо Елох. «Елох», «елохал, но словарю Даля, означает ольху, и вероятно, когда то здесь рос густой ольховый лес. А еще «ольхой» в старину называли мокрое, подтопленное место. Во второй половине XV века Елохово было пригородным подмосковным селением, где стояла церковь Владимирской иконы Божией Матери. В ее приходе в 1468 году родился знаменитый московский юродивый Василий Блаженный.

А Богоявленский собор в древности, возможно, был обыкновенной сельской церковью. Документально он известен с 1687 года, а уже в 1712-1731 гг. был перестроен в камне, на средства его прихожанина, полковника Воронецкого и царевны Прасковьи Ивановны. Есть версия, что старый собор приказал обновить сам царь Петр в честь присоединнения к России прикаспийских земель. Он лично пожаловал на него кирпич.

В конце XVIII столетия прихожанами старого петровского Богоявленского храма стала семья Пушкиных. Известно, что великий поэт Александр Сергеевич родился в Немецкой слободе и был крещен в старом Богоявленском соборе в 1799 году. Старый петровский собор простоял до середины XIX века. В 1830-х годах заказ на его перестройку получил известный московский архитектор Евграф Тюрин, прославившийся строительством домовой церкви св. Татьяны Московского университета и его Аудиторного корпуса на Моховой. И в октябре 1853 года обновленный, красивый, величественный Богоявленский собор был освящен Филаретом (Дроздовым), Митрополитом Московским и Коломенским. Треть от всей затраченной на строительство суммы (200 тысяч рублей) покрыл своим доброхотным пожертвованием один из главных благотворителей Елоховской церкви, московский 2-й гильдии купец, потомственный почетный гражданин Василии Щапов. Прихожанами храма в разное время были представители видных московских купеческих семей, многие деятели литературы, искусства и науки, преподаватели высших учебных заведений. На торжественной панихиде, отслуженной в храме в 1899 году в память 100-летия со дня рожденийя Пушкина, здесь молилась великая княгиня - будущая преподобномученица Елисавета Федоровна.

После революции этот храм не закрывался. В праздник Сретения в 1925 году торжественную Литургию в нём cлужил Святейший Патриарх Тихон. После революции сюда переместилась кафедра Патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского).

В июне 1941 года именно в предстоятетя Русской Православной Церкви митрополита Сергия встать на защиту священных рубежей Отчизны. В сентябре 1943 года на Архиерейском соборе митрополит Сергий был избран Патриархом. После кончины в 1944 году он был погребен в северном Никольском придете собора.

Богоявленский собор особенно подвергся оскорблениям и нападкам со стороны "воинствующих атеистов" в период хрущевских гонении на Церковь. Однажды во время Всенощного бдения под Вербное воскресенье в храм ворвался неизвестный и ударил совершавшего богослужение Патриарха Алексия. В другой раз крестный ход также возглавляемый Патриархом, встретила пьяная толпа с гитарами и непристойными песнями, которыми она пыталась заглушить церковное пение. В верующих полетели камни, и одним из них была серьезно ранена в голову служащая французского посольства, присутствовавшая на крестном ходе.

Когда в начале 1992 года Успенский собор Московского Кремля стал Патриаршим, Богоявленский собор сделался кафедральным.

Главный - Богоявления, приделы - Благовещения Пресвятой Богородицы и Святителя Николая, приставной - святителя Алексия, митрополита Московского; крестильный храм - святого Василия Блаженного.

В Благовещенском приделе Богоявленского собора погребен Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. В Никольском приделе Богоявленского собора погребен Святейший Патриарх Московский и всея Руси Сергий. Чудотворный Казанский образ Пресвятой Богородицы - один из первых списков с образа Божией Матери, Когда враг подошел к Москве, в столице был проведен крестный ход с Казанским образом Пресвятой Богородицы. Так же в соборе хранятся икона Божией Матери "Всех скорбящих Радость», частицы мощей святителя Иоанна Златоуста, апостола Андрея Первозванного и святителя Московского Петра.

По материалам сайта Патриархия.ru